常用的有機肥發酵方法有四種:槽式發酵、條垛發酵、高溫封閉發酵罐和納米膜覆蓋發酵。

發酵罐需要建造地麵或地下發酵罐，在發酵罐兩(liang) 側(ce) 的間距壁上鋪設導軌，罐舵柄向上移動，係統具有軌道交換機構，可實現不同發酵罐之間的轉換。槽式發酵具有單一處理能力大、設施設備投資高的特點，適用於(yu) 大型農(nong) 場。

堆垛發酵不需要建造發酵槽，糞便在硬化的平坦表麵堆積成一定的高度和寬度。地麵堆垛機騎在樁上，通過滾筒或絞車旋轉，自然風從(cong) 樁兩(liang) 側(ce) 進入樁，為(wei) 堆肥發酵提供氧氣。堆垛發酵設施投資低，地麵堆垛機形式多樣，價(jia) 格不同。

高溫封閉發酵罐發酵在封閉發酵罐中進行，溫度、通風和攪拌可手動控製，無異味，發酵周期短，營養(yang) 損失少。單一加工體(ti) 積小，適用於(yu) 家禽養(yang) 殖場。